Ngày 14-12-2011, Thủ tướng Chính phủ ban hành Quyết định số 2380-QĐ/TTG về việc thành lập Ban Chỉ đạo "Quỹ vì Trường Sa thân yêu". Trưởng Ban Chỉ đạo là Thứ trưởng Bộ Quốc phòng phụ trách về biển, đảo.
Ban Chỉ đạo có 3 Phó trưởng ban gồm: Phó chủ nhiệm Tổng Cục Chính trị, Bộ Quốc phòng (Phó trưởng ban Thường trực), Chính ủy Quân chủng Hải quân, Bộ Quốc phòng và một Phó chủ tịch Ủy ban Trung ương Mặt trận Tổ quốc Việt Nam.
Ban Chỉ đạo "Quỹ vì Trường Sa thân yêu" có nhiệm vụ chủ trì, phối hợp với các cơ quan, địa phương tổ chức phong trào vận động, xây dựng Quỹ; đề xuất các hình thức ghi công, biểu dương, khen thưởng các tập thể, cá nhân có nhiều đóng góp thiết thực xây dựng Quỹ.
Bên cạnh đó, chỉ đạo việc tiếp nhận, quản lý, điều hành và sử dụng Quỹ đúng mục đích và hiệu quả.
Ban Chỉ đạo "Quỹ vì Trường Sa thân yêu" có Bộ phận Thường trực giúp việc đặt tại Bộ Quốc phòng.